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伯樂CFX DUET實(shí)時(shí)熒光定量PCR做實(shí)驗(yàn)常用的染料有哪些?

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伯樂(Bio-Rad)的CFX系列實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀,包括經(jīng)典的CFX96/384以及您提到的CFX Duet,是應(yīng)用非常廣泛的qPCR平臺(tái)。它支持主流的全部檢測化學(xué)方法。對于在CFX Duet上進(jìn)行實(shí)驗(yàn),常用的染料主要分為兩大類:非特異性染料(SYBR Green)和特異性探針(如TaqMan等)。


一、伯樂CFX DUET實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀SYBR Green 染料法

1、通用型:

(1)SYBR® Green I: 黃金標(biāo)準(zhǔn)。幾乎所有品牌的SYBR Green qPCR預(yù)混液(Master Mix)都基于此染料。Bio-Rad自家也提供SsoAdvanced™ Universal SYBR® Green Supermix 等明星產(chǎn)品,特點(diǎn)是含有高保真、熱啟動(dòng)的Sso7d融合酶,特異性高,可防止引物二聚體的干擾。

(2)常用品牌: Bio-Rad、Takara、Thermo Fisher、Qiagen、NEB等公司的SYBR預(yù)混液均可兼容。

2、增強(qiáng)型/高特異性型:

(1)一些預(yù)混液中會(huì)添加特殊成分(如熒光染料、抗體或修飾酶)來進(jìn)一步提高特異性和信噪比。

(2)例如: EvaGreen® 也是一種常見的DNA結(jié)合染料,其飽和濃度更高,在某些應(yīng)用中可能比SYBR Green I更穩(wěn)定。CFX Duet同樣兼容。

3、何時(shí)選擇?

基因表達(dá)分析(相對定量)。

基因型篩選、熔解曲線分析。

當(dāng)需要快速優(yōu)化或檢測多個(gè)靶點(diǎn)時(shí)(成本低,只需設(shè)計(jì)引物)。


二、伯樂CFX DUET實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀特異性探針法

1、TaqMan® 水解探針(最主流):

(1)探針5‘端帶報(bào)告熒光基團(tuán)(如FAM),3’端帶淬滅基團(tuán)(如TAMRA, BHQ)。PCR延伸時(shí),Taq酶的水解活性將探針切斷,報(bào)告基團(tuán)與淬滅基團(tuán)分離,產(chǎn)生熒光。

(2)CFX Duet兼容所有TaqMan探針檢測。儀器預(yù)設(shè)了常見熒光基團(tuán)(如FAM, HEX/VIC, CY5, ROX等)的檢測通道。

(3)常用試劑: Bio-Rad的SsoAdvanced™ Universal Probes Supermix, 或TaqMan™ Universal Master Mix II(來自Thermo Fisher)等。

2、分子信標(biāo):

(1)莖環(huán)結(jié)構(gòu)的探針,在結(jié)合靶序列后構(gòu)象改變,使熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)分離而發(fā)光。特異性也非常高。

(2)同樣兼容CFX Duet。

3、FRET雜交探針(如用于基因分型的探針):

(1)使用兩個(gè)相鄰的探針,一個(gè)帶供體熒光基團(tuán),一個(gè)帶受體熒光基團(tuán)。當(dāng)兩者靠近時(shí)發(fā)生能量轉(zhuǎn)移。適用于高分辨率熔解曲線分析。

(2)在一些特殊的SNP分型應(yīng)用中使用。

4、何時(shí)選擇?

定量(如病毒載量檢測)。

多基因同時(shí)檢測(多重PCR)。

特異性要求高的應(yīng)用(如區(qū)分同源序列)。

SNP分型。


三、 高分辨率熔解曲線染料

這類染料飽和結(jié)合DNA,可用于區(qū)分序列差異(如SNP、突變檢測),通常不與SYBR Green混用。

LCGreen®, SYTO®9 等。

在CFX Duet上運(yùn)行后,通過其精確的溫控和熒光采集功能進(jìn)行高分辨率熔解曲線分析。


四、操作建議:

1、確定實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?是看表達(dá)量(相對定量)還是精確拷貝數(shù)(定量)?是否需要區(qū)分非常相似的序列?

2、根據(jù)目的選擇化學(xué)方法: 大部分表達(dá)分析用SYBR Green即可;病毒檢測、多重檢測用TaqMan探針。

3、選擇成熟的商業(yè)預(yù)混液: 對于新手和常規(guī)實(shí)驗(yàn),強(qiáng)烈建議購買包含熱啟動(dòng)酶、dNTPs、Mg2?、優(yōu)化緩沖液和染料的2× qPCR Master Mix。這是簡單可靠的方式。

SYBR法: 可選用 Bio-Rad SsoAdvanced Universal SYBR Green Supermix。

探針法: 可選用 Bio-Rad SsoAdvanced Universal Probes Supermix。

4、在CFX Duet軟件中正確設(shè)置:

選擇正確的檢測化學(xué)(“SYBR" 或 “TaqMan")。

選擇正確的熒光通道(SYBR用FAM通道;TaqMan根據(jù)探針報(bào)告基團(tuán)選擇FAM、HEX、CY5等)。

關(guān)鍵: 選擇與您所用預(yù)混液匹配的被動(dòng)參考染料(通常是ROX)。這一步設(shè)置錯(cuò)誤會(huì)導(dǎo)致數(shù)據(jù)異常。


總之,伯樂CFX Duet是一款功能全面的儀器,支持市場上幾乎所有主流的qPCR染料和化學(xué)方法。您只需要根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求進(jìn)行選擇,并在軟件中做好對應(yīng)設(shè)置即可。

TEL:18016231680

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